方法自体はいろいろあると思うけど、最近はこんな感じということで。
一例として、KUMAさんゆかりんに最新のMP2ボーンを入れてみることに。
1. まず準備

左がMP2ボーンのボーンだけのモデル。右はこれからボーン入れるKUMAゆかりんです。
今回、ゆかりんの全親は削除しました。
MP2ボーンにもともと全親がないからですが、ほしい場合は後から追加でOK
ボーンだけのモデルはここで配布してるモデルから、ジョイント、剛体、頂点をすべて選択して削除
http://ux.getuploader.com/SPS_files/download/7/%E5%88%9D%E9%9F%B3%E3%83%9F%E3%82%AFVer2_MP2N02.zip
(ボーンだけのモデルも追加しました)
2. ボーンモデルの物理ボーン部分を削除

3. ボーンだけのモデルにゆかりんをインポート
インポート時のオプションはこんな感じで。

4. ボーンの位置あわせ
取り込んだモデルのボーンと、もともとあるボーンが2重に表示されていて、盛大に位置がずれてます。

ベクトルコピペでひたすら位置合わせします。
ゆかりんのボーンをPMDView上で選択して位置をベクトルコピー、元のボーン(多重なのでけっこうたくさん)をボーンリストから選んでひたすらベクトルペーストの繰り返し。

~IK先ボーンなど、ゆかりんにないボーンなども適当に位置を調整して上げたほうが見やすくなります。

これでほぼボーン位置調整終わり
5.足先の調整
ゆかりんはつま先ボーンが足首ボーンの先にあってつま先だけを曲げることができるボーン構造になってます。
同じ構造はMP2ボーンにも仕込まれていますが、ボーン名が違うため注意が必要です。
もともと標準モデルでもつま先ボーンがあるのですが、足首の先ボーンとして非表示扱いなため、ちょっと混乱の元となってしまうかもしれません。
「つま先を曲げる」という意味ではゆかりんボーンのほうがわかりやすい命名なんですが、互換性のためMP2ボーンではつま先部分を足首2という名前にしています。
ということで、名前を変更して位置合わせを行います。
足センター類など、MP2ボーン特有のボーンも位置を足首2の真下に来るように調整します。
足軸Yの位置は変える必要がありません。

6. 位置合わせ完了

指のボーンについては数が多くて面倒なので、ゆかりんの指ボーンをまとめて指定して、右クリック→クリップボードへコピー。コピー元となったボーンを削除して右クリック→クリップボードから更新。
これでまとめて位置を更新できます。
クリップボードを介したボーンの更新では親子関係などのパラメータもコピー元に更新されるため、他のボーンでこれをやると、親子関係をMP2ボーン構造に戻してやる必要があります。MP2ボーンに慣れてないと厄介な作業となるので、今回はひたすらベクトルコピペで位置のみ更新。
(エクセル持ってる人はもうちょっと楽な方法もありますw)
あと、~先ボーンについても各ボーンに合わせて適当に調整が必要な場合があります。
7. 同名ボーンマージ
仕上げに同名ボーンマージして、ボーン構造は完成。

8. ウェイトボーン番号変換
頂点ウェイトの腕やひじを、腕ポリやひじポリのボーンに入れ替えなければなりません。
左はここまでの状態で右腕を指定した時のウェイトマップですが、このウェイトをそのまま腕ポリボーンに載せ替えるために「ウェイトボーン番号変換」というPMDEプラグインを使用します。
(同じ機能のプラグインがほかにもあったかも)
変換が必要な頂点を適当に指定し、その指定頂点の中からボーン番号を入れ替えます。
これで、ウェイトの載せ替えも楽勝。個人的には非常によく使うプラグインで、持ってて損はない!

(追記 実はインポートする前に腕、ひじのボーン名を腕ポリ、ひじポリという風に変えておけばこのステップは不要になります。後から気づいたので…汗 でもこのプラグインは持ってていいと思う!)
9. その他、調整
標準的な服装のミクさんだとこれで大体終わると思いますが、ゆかりんは袖が長めで手首のウェイトが乗ってたので、もう一工夫必要でした。
ということで、袖ポリボーン、袖IK追加して、ひじポリの先に連結。
このあたりはモデル個別の調整ということなので、必要に応じて考えてやってください><

あと、MP2ボーン構造では目がIK支配下になっていて、両目IKの動きに目線が合うように調整してやる必要があります。たいていの場合、左右目、目線の回転付与率の値を調整してやればOK!

ちょっと長くなりましたが、ボーン移植作業は大体こんな感じです。
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